Ну если просто задаться этими вопросами и начать просто размышлять, то эти вещи вылезают наружу. Напрямую это нам не объясняют, но это же хорошо, когда зрителя не считают за придурка.

Желания - Их два т.к. первое желание "Спасти Мадоку" не может существовать без Мадоки. В следствии чего Хомуре в новом ребилднутом мире приходится загадать новое желание. Т.к. Хомура не забыла Мадоку, логично, что она загадала что-то в духе "Не хочу забывать Мадоку", её махинации с памятью персонажей в третьем фильме это только подтверждают, как и тот факт, что вместо щита у неё на тот момент уже был лук, который, очевидно, у неё и у нас ассоциируется с Мадокой.

У Хомы раздвоения личности нету. Мне кажется про две сущности писали образно. Просто есть Хомура до ребилда мира Мадокой, и после. Делю я их так тупо по факту того, что именно в эти промежутки времени Хомура обладает разными магиями, из-за чего она ведёт себя по-разному. Если в первом случае она пыталась спасти Мадоку, то во втором она пыталась просто её не забыть, у неё кстати кукуха текла не слабо так из-за этого хд... И дело в том, что до этого додуматься-то не очень сложно и без всяких сторонних источников типа Призрачнной арки, т.к. тут дело в банальной логике и понимании капельки психологии.

Ну сам же подумай. Сирик и второй фильм закончились ничем, Мадоки не существует, проблемы всё так же проблемны, Хомура, линия которой так и не была закрыта в сирике, страдает. Ну какой это конец.
Я не понимаю что призывает людей писать, что фильм "сложный" или еще чего, если для его понимания достаточно просто смотреть и не пропускать важные диалоги.
Божы упаси