@S John, Харлок - самая высокобюджетная японская аниме-полнометражка. По уровню 3D он превосходит все остальные примеры вместе взятые. И сделан он для широкой аудитории, с оригиналом у него не так много общего, как кажется.
Аджин и Сидония - одна студия, один стиль. Их достижение - полноценный сел-шейдинг в сериалах, хоть и очевидно более бюджетный, чем в полнометражках.
Как я уже говорил, есть множество других примеров, которые я не назвал (и не смотрел). Их правда очень много: начиная с собственно сиквелов Апплсида и кончая экранизациями видеоигр по типу упомянутого @Мастер Drop Теккен: Кровная месть. Есть даже 3D Дораэмоны, правда я не знаю, какое именно 3D там используется.
Что касается эстетики, то я, к сожалению, вашего мнения по поводу Яблочного Зернышка не разделяю. Мне использование 3D в нем показалось настолько топорным, что я даже не смог его досмотреть. Я предпочитаю более традиционное обоснованное использование 3D, такое, как в упомянутом вами Призраке в Доспехах или сборнике экспериментальной анимации Short Peace.
Вопроса по первой цитате не понял. Понял. Под привычным для глаза видом я имел в виду что-то, что имеет заметное сходство с реальным миром, улавливаемое для разума. При отсутствии чего-либо, явно выбивающегося из образа. У создателей ЯЗ это не удалось: тут и пресловутая черная вода, и периодически проскакивающее невысокое качество текстур, и несочетаемость Full3D с тун-шейдингом, и многое другое.