Индоиранские миграции привели к высокой частоте R1a1-Z93 на юге Средней Азии, Иране и Индии. Наиболее высокая частота R1a1-Z93 (около 65%) достигается в кластере вокруг Кыргызстана, Таджикистана и севера Афганистана. В Индии и Пакистане, R1a колеблется от 15 до 50% населения, в зависимости от региона, этнической группы и касты. R1a, как правило, сильнее на северо-западе субконтинента, и слабее у дравидийцев Юг (Тамил-Наду, Керала, Карнатака, Андхра-Прадеш) и из Бенгалии на восток. В среднем около 40% брахманов (высшая каста в индуизме) принадлежат к R1a1-Z93, в некоторых местах и выше - вероятно в связи с эффектом основателя.
Материнские линии в Южной Азии, тем не менее, в подавляющем большинстве не-индо-европейские. Например, в Индии более 75% "родных" мт-ДНК M и R линий и 10%-Восточной Азии линий. В остаточных 15% гаплогруппы, примерно половина среднего происхождения Востока. Только около 7 или 8% может быть "северной" (Понтийско-Каспийских степей) происхождения, в основном в виде гаплогруппы U2 и W (хотя происхождение U2 по-прежнему обсуждается). Европейские линии мт-ДНК гораздо более распространены в Центральной Азии, и даже в Афганистане и севере Пакистана. Это говорит о том, что индоевропейские вторжения в Индию были проведены в основном мужчинами через войну, и первые крупные поселения их женщин были в северном Пакистане, Западной Индии (Пенджаб в Гуджарате) и на севере Индии (штат Уттар-Прадеш), где гаплогруппы U2 и W являются наиболее распространенными.