передатчик перестает работать после выковыривания(банальная реакция на температуру, которая в организме повыше, чем обычно в комнате) + при этом его можно повредить, чего никак нельзя было допустить до пожара, да и после тоже, а используя прибор для обезвреживания они бы его сломали и очевидно Мама узнала бы об этом сразу же. А в случае с Эммой, когда та закинула свое ухо в ведро за угол - это нужно было зделтаь еще и быстро. Отрезая же ухо можно его выбросить в качестве приманки, + оно еще поработает какое-то время условно до остывания крови(очевидно это я придумал с температурой, такого в аниме не было кажется)

но тут тоже оговорка: если передатчик был на краю уха, можно было бы отрезать кусочек, но так как они знали, где он, возможно он был совсем не с краю, поэтому пришлось

Рэй знал правду давно(по факту с рождения), и, как он сам сказал, готовился к побегу 6 лет, но ведь совсем не обязательно было шпионить для Мамы все эти 6 лет, как Вы и сказали - незачем было. Есть мнение, что он с указки мамы просто контролировал любопытство самых умных, дабы те не узнали лишнего и не задавали "правильных" вопросов, в обмен на всякие полезные штуки для него. А уже потом он показал правду своим товарищам, и стал двойным агентом.