Так не было никакого пепелища. В конце показано, как сменяются эпохи, как появляются новые существа. В общем, циклы продолжаются и мир совершенствуется.
Главная героиня и нужна была для этого. Вся манга — это её воспитание и доведение до "кондиции". Смотри шире. Не с точки зрения героини-человека, а с точки зрения героини-концепции. Концепции "Инь-Янь" — белого и чёрного, разрушения и созидания. Она и не должна была победить в своей борьбе. Она должна была стать белым, дабы уравновешивать чёрное. Сначала она сдалась из-за людей и мир был разрушен. На нескольких фреймах показано её состояние овоща. Однако позже она превращается в полноценную вторую половину. И начинается (ются) новый(ые) этапы развития Земли. Твист с наличием сестры нужен для объяснения появлений дракона. Ни больше, ни меньше.
Романтота с мутным типом... Я бы не сказал, что там вообще романтота была. Он ведь изначально, как и все хозяева драгонетов, был связан через своего с Куро. Он говорил про влечение к Шиине ещё в начальных главах. Ментально они были близки ещё с того момента, как он показал ей побоище в двадцатой (или 21-ой?) главе, сказав "не отводить глаза. Произошедшее в конце... Считай, что автор так её взросление показал. Да, не забывай, что эта манга местами довольно антиморальна и пропанандирует чистый гедонизм.
Не смотри на смысл этой манги с точки зрения своей морали. Автор явно вложил туда нечто неприемлемое, с чем можно согласиться в контексте произведения, но не соглашаться в реальности. Например, концовку можно трактовать и так
"Шиина разочаровалась в жизни, в людях, в мире, и потому допускает разрушение и снос всего. Затем, как ты и сказал, они устраивают весёлое юри на пепелище, только и всего".
То есть смысл концовки можно прочитать как "всё говно — наслаждайся жизнью, наплевав на всё".
Забавно, но после прочтения мне показалось, что именно это автор и хотел сказать.