Есть мнение, что такой проблемы как раз и не будет. Чужим бактериям, если они конечно существуют, земная биосфера может быть как раз хуже горькой редьки. Любой человек это огромный передвижной рассадник болезней и паразитов. Если вы считаете, что инопланетные организмы могут быть опасны для человека, отчего вы не думаете, что именно человек может быть опасен для местной экосистемы?
Это конечно если экосистемы хоть как-то совместимы. Но в тоже время может быть что системы достаточно совместимы для того что-бы люди ели приготовленные образцы с других миров и в то же время люди могут быть совершено не съедобны для местных.

Понимаете, в пределах какой либо системы всегда можно придумать внутренне не противоречивое объяснение. Думаю на этом можно остановится.