Если ты имел ввиду как-то изменить - то нельзя, так как слишком сложный процесс (со слов Наоми-старшего) А если ты имел ввиду "скопировать" - тоже нельзя без эмоциональной синхронизации, такой вот лор, будет ошибка кода. Чтобы разум прижился, он должен обладать такими же чувстами, включая любовь и заботу, а он их "забыл" за 10 лет, пока она была в коме, все время работая и травмируя себя экспериментами.
Матрицы не создаются людьми, это ведь буквально как набор бесконечных фотографий реального мира, только еще и копируются свойства и мысли. Даже если б она их создала/скопировала - по логике мира никаких изменений от её действий не произошло бы, а только появилась условная "красная" область, как в первом мире при вырезании молодой Рури (в твоей теории- Наоми). Забудем, что у нее физически нет возможности создания и копирования целого мира - мощность ALLTALE ученые описывают как "непостижимую" : Ну создала бы она их, но зачем? все изменения тут же латаются агентами, и добавь она ему просто любовь к математике - это тут же исправят, не дав не то, что начать изучение нейробиологии, а просто купить учебник не позволит.
Тогда в ее поступке отсутствует всякий смысл, она ведь сделала бы тоже самое сама вместе с учеными, не вовлекая самого Наоми. Да и при таком раскладе, это вмешательство заметили бы агенты и восстановили бы данные. В сериале данные не меняются, а копируются и вырезаются. Кстати если бы твоя мысль, что молния ударила на самом деле Наоми было правдой, то сюжета не получилось бы, ведь в момент попадания молнии он уже был влюблен в нее, и Рури осталось бы просто скопировать разум молодого Наоми из первого мира. Ведь весь второй и реальный он бы пролежал в коме.
На самом деле все проще, Наоми пытался стереть следы вмешательства, ведь делал все эксперименты незаконно. Просто стерев данные о мире после копирования разума молодой Рури. Только не учел, что при переносе его атакуют агенты верхнего мира, посчитав что разум младшей и тело старшей Рури - 2 одинаковых объекта.
Там тоже просто, атакуются все данные, которые дублируются - система клинит и зависает (помнишь там была паника в лаборатории, где все кричали что система зациклилась). Если бы Наоми-младший успел бы перейти обратно в первый мир вместе с Рури, то агенты тут же бы успокоились. Но пока видели дубляж - атаковали и двух Наомь, и "двух" Рурь
Так и есть, они вернулись в память своего привычного мира, а слова про "новый неизвестный мир" - романтическая отсылка, мол теперь мы создаем нашу жизнь сами.