Поведению Хомуры у меня есть два объяснения. Первое: после превращения в ведьму, Хомура поняла, как сильно страдает без Мадоки, как она ей важна, поэтому не захотела её отпускать (это она и до этого понимала, просто здесь страдание от этого перешло на новый уровень). Но ведь в фильме сказали, что после того, как Мадока-богиня её заберёт, они будут всегда вместе. Разве не этого хотела Хомура? Она всегда воспринимала то, кем стала Мадока, как жертву, и корила себя, что не уберегла Мадоку. И это стало толчком к тому, чтобы сделать Мадоку нормальной, заставить всех забыть, что она богиня, осчастливить всех, чтобы они жили обычной жизнью (в том числе и Саяка, которая, по идее,умерла). Это всё, в целом, и говорится в самом фильме.

Второе объяснение: создатели слишком увлеклись. Возможно, ими двигало то, что надо в продолжении сделать тоже что-то грандиозное, ведь зрители от продолжения, скорее всего, этого и ждут. В сериале они сделали из Мадоки богиню (даже что-то вроде Христа, который открыл людям дорогу в рай, когда раньше они все поголовно попадали в ад, ценой своей жертвы), так почему же этого не сделать и здесь, только перевернув прошлый концепт, ведь нельзя же повторяться? На роль будущей богини очень хорошо подходит Хомура, ведь она, по сути, была одной из главных героинь, самой "близкой" к Мадоке. Как Люцифер, который был любимцем Бога, его любил, готов был помочь во всём, но ослушался его (решил, что знает лучше, что нужно людям) и пал (да,да, создатели прямо об этом всём и говорили). Но зачем это было нужно? Возможно, именно из-за того, чтобы поразить зрителя, чтобы дать ему что-то грандиозное и неожиданное (как в 8-м сезоне Игры Престолов. Кхм, извините). Либо, чтобы у зрителя включился спгс-аппарат, который всё делает лучше. Я больше склоняюсь к этом варианту. Также, можно заметить, как и в самом сериале, в итоге, название фильма оправдывается в самом конце. Так что, данный фильм больше напоминает самоповтор (в начале всё замечательно, потом выясняется ужасная правда, кто-то из героинь превращается в ведьму, с которой все сражаются, а в конце происходит неожиданный поворот и создание богини).
Edit: оказывается, что по данному фильму есть манга-первоисточник. Но это не особо обесценивает то, что я написала