1. Реальный мир и правда начинается на Луне в 2040+ годах Здесь очень интересное определение реальности, так как мир записывается каждое мгновение в память компьютера, то стоит просто помнить что у памяти машин нет причинно-следственных связей, все данные просто вырезаются и вставляются как набор бесконечных фотографий, но они никак не меняются из-за эффекта бабочки.
2. В Рури и правда попадает молния в первом мире, когда она гуляла со старшим Наоми и она впадает в кому На что указывает его воспоминания как и где все произошло, что было дальше и его работа следующие 10 лет
3. Наоми-старший спустя 10 лет тайных экспериментов на самом себе наконец получает возможность использовать ALLTALE для возврата разума Рури Его мотив был прост и эгоистичен, он скучал по любимой и хотел лишь увидеть ее улыбку, это все еще реальный мир для него, где он ждет уже 10 лет пока она лежит без сознания.
4. Для возвращения разума Рури-старшей он решает украсть разум Рури-младшей , для чего необходимо достичь психоэмоциональной синхронизации с телом на момент попадания молнии, а проще - влюбить Рури-младшую в Наоми-младшего Без этого, с его слов и слов Рури в конце фильма, перенос сознания невозможен
5. Как только Наоми это удалось - сознание молодой Рури смогло перейти во второй мир Рури выходит из комы, но при этом поняла что Наоми ненастоящий и отталкивает ее когда он пытался ее поцеловать
6. Старший Наоми тоже понял, что хоть ему удалось задуманное, это уже не та Рури, которую он знал, а совсем другая девушка Это следует из диалога у станции метро
7. Герой понимая это смиряется, извиняется перед молодым Наоми и помогает ему вернуть разум Рури в первый мир обратно. Так как их все ещё атаковали агенты, видя дублирование личности, и из-за его ошибки ее попусту бы стерли.
8. Ясно понимая свое одиночество, он спасает Наоми-младшего ценой своей жизни. Что напрямую связано со вторым финалом:

9. Спустя время Рури выходит из комы После возвращения разума Рури-младшей в первый мир, тело Рури-старшей должно "обмякнуть" на станции метро, где она была на момент процедуры. Так что скорее всего ее нашли и вернули в больницу, ведь никакой опасности для системы она больше не представляла, и агенты от нее отстали
10. В процессе экспериментов и попыток перенести сознание, Наоми получает травму спинного мозга, отчего тоже впадает в кому Что показано во флешбеке в момент стирания Наоми старшего Наоми младшим, флешбеками из лаборатории, а также в одном из диалогов склользь
11. Следовательно, неестественные события второго мира - это уже вмешательство Рури с Лунной Лаборатории, в попытке вернуть разум уже Наоми-старшему На это указывает голос Рури "сверху" во время сражения с агентами, а также ворон с голосом Рури, который встретился с Наоми-младшим.
12. Рури с Луны помогает младшему Наоми попасть во второй мир и изменить цепь событий Так как она поняла, что все события, и совершенные ошибки Наоми-старшего лишат возможности вернуть ему разум в реальный мир, где он в коме
13. Ее задачей было исправить эти ошибки, но она не могла переместить его разум, для этого нужна та самая психоэмоциональная синхронизация, которая мешала Наоми старшему просто скопировать разум молодой Рури сразу. Но если в том случае не было влюбленности Рури в Наоми, то в этом случае - он позабыл за 10 лет чувство заботы и любви к настоящей Рури, что была на момент его собственной комы. Ведь перед ней - другая девушка, которая его оттолкнула не узнав настоящего Наоми, и он это тоже прекрасно осознал.
14. Но благодаря вмешательству Рури с помощью младшего Наоми, старший поступил иначе, проявив заботу, увидев ее улыбку и услышав слова благодарности, сказанные у входа в метро. И когда он спасал младшего Наоми от смерти, наступил флешбек его знакомства и заботы о Рури, и он почувствовал себя счастливым (его слова), и именно в этот момент синхронизировал разум и тело из реального мира. Об этом говорится в диалоге после пробуждения
15. И только так его удалось скопировать в голову Наоми из реального мира. Опять же, время нахождения его в коме мы не знаем, могу предположить, что люди придумали способ сохранять тело и продлевать жизнь, о чем намекает большой холодильник-капсула при пробуждении.

То есть, тут больше про романтику и эмоции, а не нолановские многоходовочки.