Junod - тут ВМВ где-то треть, плюс войны перед ней.
Aru Machi Kado no Monogatari - история одной улицы. Правда, не могу точно сказать, не помню, там именно ВМВ или просто война, но зиги на плакатах есть.
Joker Game - сеттинг предвоенно-военный и отдельные серии непосредственно про убегание от военных.
Ну, в Kaze Tachinu самолетики он не для пикников проектировал, так что вопрос спорный.

По тегам из анидб, лично не смотрела:
Ano Hi, Bokura wa Senjou de: Shounenhei no Kokuhaku - кажется, это про подростков-партизан, выступавших на Окинаве против американцев во 2ю мировую.
"film in Shin-Ei's series of annual WWII themed anime television movies for children "Sensou Douwa" (war story)": Boku no Boukuugou, Chiisai Sensuikan ni Koi wo Shita Dekasugiru Kujira no Hanashi, Tako ni Natta Okaasan, Umigame to Shounen, Kiku-chan to Ookami, Aoi Hitomi no Onnanoko no Ohanashi, Yakeato no, Okashi no Ki.
Ecchan no Sensou - по описанию, Китай-1945, Маньчжурия.
Himeyuri - окинавские старшеклассницы-медсестры.
Hiroshima e no Tabi - по описанию, дядя расскажет племяннику про бомбардировку Хиросимы.
Hoshizora no Violin - тут не знаю, в описании только "мальчик мечтает создать лучшую скрипку", на скринах есть солдаты, а сколько тут от ВМВ - нужен кто-то смотревший.
Kuro ga Ita Natsu - Хиросима.
Kyouryoku Boukuusen, Momotarou no Umiwashi, Momotarou: Umi no Shinpei, Spy Gekimetsu - военная пропаганда.
Makkuro na Obentou - Хиросима.
Maya no Isshou - тут по описанию должна быть драма про дружбу мальчика и собачки с недоеданием в голодные военные годы.
Mii-chan no Tenohira, Sensou ga Owatta Natsu ni 1945 Karafuto - описания не нашла, тут хз.
Obake Entotsu no Uta - бомбардировка Токио.
Ohoshisama no Rail
Raiyantsuuri no Uta - тут вроде как мужик сбежал от войны вдаль от цивилизации и не в курсе, что она кончилась.
Shirahata no Shoujo Ryuuko - война на Окинаве.
Tsuki ga Noboru made ni - вроде про дружбу японского мальчика и американского солдата.
Toki no Tabibito: Time Stranger - тут есть путешествие во времени, среди путешествий - 1945й, пусть смотревшие подскажут.
Yocchan no Biidama - Хиросима.
Youtai Nuhai Zai Shanghai - китайский фильм про 3х детей в окупированном японцами Шанхае во время ВМВ.
Zeno: Kagirinaki Ai ni - "Фильм посвящён полувековой благотворительной деятельности в Японии польского миссионера Зенона Жебровского (Zenon Żebrowski, 1898-1982)." (с)Ворлд-Арт. Сколько тут военного - хз.