Вообще последние минуты поведения Хомуры, мягко говоря, напрягают. У нее внезапно появился взгляд Яндере. Выходит, что она пленила Мадоку, и тем самым присвоила часть всемогущества себе, после чего переписала законы мира (без ведома той же Мадоки). В итоге она сделала мир, где у всех все хорошо, изменила немного сценарий появления Мадоки, однако у нее был какой-то явно нездоровый взгляд все это время. А когда Мадока начала догадываться, что с миром (с ней) что-то не так, то ее и вовсе охватил ужас. Получается, что она испугалась, что Мадока узнает правду? Она не хотела, чтобы Мадока менялась? Хомура создала мир согласно своим желаниям и поэтому спросила Мадоку ее мнение на этот счет, после чего, как я понимаю, пришла к следующим выводам: в будущем возможен конфликт с Мадокой касательно этого вопроса, однако она будет настаивать на том, чтобы осчастливить Мадоку даже в таких условиях.
Вот только поведение самой Хомуры мне не до конца понятно в самом конце. Она лихорадочно оборачивается на Кьюбея - чуть ли не с ужасом. А потом начинает радостно танцевать, держа в руках свой (??) новый самоцвет души. Она рада, что смогла изменить судьбу Мадоки или что? Рада тому, что пленила Мадоку и теперь они в каком-то смысле вечно друг с другом? Этот вопрос, кстати, мне тоже непонятен. Она разделила Мадоку на части и при этом говорит об уничтожении каких-то отродий и самого мира (когда отвечает Саяке). Что это за мотивация и откуда она вообще взялась?