@Fred Lemuer, забавно, но никогда раньше не выстраивал себе такую картину в голове. Для начала почему придерживаюсь позиции, что Кудзэ это тот мальчик.
Во-первых так сам сюжет выглядит лучше, а аниме смотрится интересней и приятней: Диалог(монолог) из воспоминаний это часть раскрытия протагониста(Майора), те воспоминания о мальчике это частичка которая делает из неё человека, не смотря на то что физически она уже давно полный киборг. Далее, от этого сильно меняется характер её отношений с Кудзэ, возникает конфликт её рабочих и личных интересов. От чего во время просмотра возникает интрига: узнают ли они друг друга? и если узнают как майор расставит приоритеты? Появляется драм. составляющая. В последних сериях возникает напряжение, т.к. события начинают развиваться стремительней, а финал это второстепенной арки под вопросом. Т.е. сериал все цело выигрывает от такого восприятия.

Во-вторых, что более важно - сцена в вертолёте о которой я писал выше. И если первый пункт это чистый прагматизм и субъективщина, то это уже другое дело. Разберем эту сцену и некоторые предшествующие ей события:
1) Мотоко не признала Кудзе, т.к. тот отвечал уклончиво про то что программу на журавликов может скачать каждый, про синхронизацию и вот это вот всё, что ты более подробно описал.
2) Вмешался Бато и прервал разговор.
3) Кудзе арестовали и перед посадкой на вертолет поставили блок на кибермозг
3) Он продолжил держать яблоко левой рукой, как мячик в больнице. Сделать он это мог только физически рефлексом, т.е. лично приобретенным.
4) В этот момент Мотоко всё поняла(что-то даже сказала не помню уже что). Но дело уже сделано. Возможность упущена это придает ситуации некоторый драм. окрас.

У всей этой конструкции ровно один косяк, это то что магазинчик из 11 серии наверняка не существовал и был виртуальный, т.е. все это просто выбранная авторами форма подачи предыстории персонажа обоснованная художественной необходимостью. Если сильно хочется найти этому эпизоду какое-тологическое объяснение в рамках сюжета пусть будет так: "В процессе отбора новых сотрудников Мотоко была чрезмерно требовательной к кандидатам-обычным людям и слишком многого от них ждала, на что ей также указал Бато. В процессе очередного испытания для кандидатов она шла по улице и задумалась о разнице между ней и обычными людьми, на неё нахлынули одни из самых ранних её воспоминаний, сам процесс же был непроизвольно визуализирован в форме диалога с хозяйкой магазина."

Касательной твоей версии, да всё логично, по итогу что мы имеем тогда. Кудзе хакнул Майора, просканировал её память, покопался в её душе, подстроился под её призрака(синхронизировался) и установил некую личную связь чтобы получить вес в её глазах(как у остальных беженцев). Верно? По сути вся часть сюжета про мальчика и раскрытие Майора теряет практический смысл и оказывается пустышкой. Взамен этого возникают возможности СПГС толкований. Возможно так раскрывается тема симулякра, как из первого сезона, что возвращает к вопросу толкования аббревиатуры SAC. Можно вспомнить, что в момент последнего диалога Кудзе и Мотоко появилось яблоко, а Бато сверху стоял с куском балки в форме католического креста и всё это какой-то символизм христианства, а Кудзе типо мессия, который ведет беженцев(людей) в светлое будущее и синхронизируется под их призраков, чтобы заполнять их душевную пустоту. Или то что он как ты сказал сектант и на примере Кудзе раскрывается работа организованной секты, где по каждому человеку идёт персональная работа(синхронизация) ради получения лояльности, а глава секты получает около божественный статус.

Думаю что с такого ракурса ценность просмотра сериала в рамках досуга сильно падает. Да и в целом атмосфера SAC не соответсует СПГСу, это не фильмы Осии. В общем я останусь при своем. Кудзе - мальчик из воспоминаний Мотоко.

С другой стороны, то что на один сюжет есть несколько полноценных ракурсов говорит о том насколько тайтл хорош.