@Classic2d, спасибо.) Попробую сам обрисовать различия.

1. Дизайн стал более детализирован. В принципе, это ни о чем не говорит. Причина могла быть тривиальной - в начале 1-го десятилетия 2000-х бюджеты аниме были аховыми. А тут появилась возможность добавить деталей, они это сделали.

2. В первом дизайне бросается в глаза Мадока-стайл сплющенное лицо. В принципе, тоже непринципиально, в той же Мадоке в таком стиле были изображены 14-летние девочки. Возможно в новых принципах дизайна (об этом дальше) не удалось в таком стиле адекватно изобразить персонажа. А может быть как раз то, о чем говорил ALEKSANDROVICН, - убрать у персонажа его чрезмерную оригинальность, сфокусироваться на сюжете, а не на стилистических изысках.

3. А вот тут самое главное. Задам простой вопрос на основе первого дизайна: "Сколько Кино лет?" Например, я отвечу: "60". Что мне скажут? "Ну, она неплохо сохранилась". И не более того. А теперь тот же вопрос в отношении нового дизайна. Ответ: "25 максимум". По сюжету же Кино 13-14 лет! Меня выбешивают фильмы, где "8-летняя девочка" небрежным движением закидывает свою сиську себе на плечо. (Если что, это шпилька в адрес экранизаций "Алисы" Кэрролла.)

Кино выглядит более молодой и наивной. Ее возраст - часть сюжета и идеи, которую он доносит зрителю. Туда же округлый ротик, носик-пуговка, покатые плечи и тонкая длинная шея (вместо бычьего загривка борца-тяжеловеса в первой), туда же рубашка вместо армейской униформы. Это немного другой образ Кино. Она смотрит на мир широко раскрытыми наивными глазами, а не оценивает его холодным взглядом накаченной старушки. Он действительно "просто" менее оригинальный?

Получается, что нет.) Теперь осталось спросить у самого режиссёра.
Странно. Лицо во втором более вытянуто: нос и рот на адекватном расстоянии. Волосы лежат мягче(в первом они грубоватые, как будто лаком сделали укладку). Костюм моднее.