Clannad: Tomoyo After

А то я ведь и не знаю, соблюли ли они эту часть

в оригинале не было эпилога со встречей главных героев, последней сценой была та, где Томоё одна наблюдает за закатом, так что там Томоя умер - это однозначно. Фанаты не очень были довольны такой пессимистичной концовкой, поэтому в переиздании появился эпилог - однако его можно интерпретировать по-разному: и как то, что Томоя был в коме, но вышел из неё, и как то, что умер, а эта встреча - метафора или о загробной жизни или о совместном движении вперёд, когда Томоё сохранит о нём память, тут как нравится. Ну и очевидно, что основной посыл и оригинальная задумка - это то, что не надо отчаиваться даже в самых сложных ситуациях, т.е. правильнее было бы воспринимать происходящее всё же с умершим Томоя, и Томоё, которая нашла в себе силы жить дальше, храня воспоминания о своём любимом.